AT3G48425.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DNAse I-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DNAse I-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: hydrolase activity, nuclease activity; INVOLVED IN: DNA repair; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Endonuclease/exonuclease/phosphatase (InterPro:IPR005135), Exodeoxyribonuclease III xth (InterPro:IPR004808); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: apurinic endonuclease-redox protein (TAIR:AT2G41460.1); Has 5913 Blast hits to 5912 proteins in 1998 species: Archae - 119; Bacteria - 3923; Metazoa - 218; Fungi - 82; Plants - 109; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1462 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:17931910..17934493 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41785.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 364 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKRFFKPIEK ENSPAAKKPC LSPEKRDGDG DGVEEEKNQN EPSKFMTWNA NSFLLRVKND WSQFSKFVSD FDPDVIAIQE VRMPAAGGKG KPKNHEELSD 101: DTKVLREEKQ ILTRALSSPP FGNYGVWWSL ADSKYAGTAL LVKKCFKPRK VYFNLDKLAS KHEPDGRVIL AEFETFRLLN TYSPNNGWKD EENAFQRRRK 201: WDKRIVEFLN KTSDKPLIWC GDLNVSHEEI DVSHPEFFAT AKLNGYVPPN KEDCGQPGFT PSERGRFGAT IKEGRLVDAY RYLHKEQEME SGFSWSGNPI 301: GKYRGKRMRI DYFLVSEQLK DRIVSCKMHG RGIELEGFHG SDHCPVTLEL SKPSSEMEQN QVSN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)