AT3G48030.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : hypoxia-responsive family protein / zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
hypoxia-responsive family protein / zinc finger (C3HC4-type RING finger) family protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; INVOLVED IN: response to hypoxia; EXPRESSED IN: hypocotyl, root; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957), Hypoxia induced protein, conserved region (InterPro:IPR007667); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT1G23980.1); Has 9958 Blast hits to 9934 proteins in 295 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 2435; Fungi - 930; Plants - 5148; Viruses - 46; Other Eukaryotes - 1393 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:17725410..17727954 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38688.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 349 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSVEPDMED LFQEKKRVRN PLVPLGALMT AGVLTAGLIS FRRGNSQLGQ VLMRARVVVQ GATVALMVGT GYYYGDNPWK KLLLSEIHET EALSPKSSSA 101: ATLTLMNQKD PSSSSIVSVL CLVISGLALI IVFLGVLYLI FKFLRKSSTL FPIPHFNYNP DLFSFSSPQL QHLFFLHDSG LDQTAIDALP VFLYGNVTIS 201: LEQPFDCAVC LNEFSDTDKL RLLPVCSHAF HLHCIDTWLL SNSTCPLCRR SLSTSNVCYN HSETLVAPLS GHQQVDDGKA SLAKRVFSVR LGRFKSTNES 301: QSQRHDVKDE IGVRMPRRCY SMGTQQYLVC DQDFVVALSS SPREGNIGR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)