AT3G46590.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TRF-like 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein that specifically binds plant telomeric DNA (TTTAGGG)n repeats. Involved in bending DNA. Expressed throughout the plant with highest levels in flowers. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TRF-like 1 (TRFL1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SANT, DNA-binding (InterPro:IPR001005), Homeodomain-like (InterPro:IPR009057), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955), Homeodomain-related (InterPro:IPR012287), HTH transcriptional regulator, Myb-type, DNA-binding (InterPro:IPR017930); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: telomeric repeat binding protein 1 (TAIR:AT5G59430.3); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:17153642..17155946 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61778.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 553 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVSHKVLEFG DDGYKLPAQA RAPRSLRKKR IYEKKIPGDD KMCAIDLLAT VAGSLLLESK SPVNACLVVQ NTVKNEYPAD ENPVKAVPYS ESPSLFDNGK 101: CGFSSVITNP NHLLVGDKVG KEVEGFSSLG VSGDVKPDVV ASIGSNSSTE VGACGNGSPN ESRDDVNLFS RNDDDENFSG YIRTRMTRPV PRIGDRRIRK 201: ILASRHWKGG SKNNTDAKPW YCSKRSYYLH HHQRSYPIKK RKYFDSVYDS NSDDYRLQGK THKGSRTISS MKSRNASFVS RDHHVKLRIK SFRVPELFVE 301: IPETATVGSL KRMVMEAVTT ILGDGLRVGL MVQGKKVRDD GKTLLQTGIS EENNHLDSLG FSLEPSLETT PQPLLSSYLS DHACDDVTLC HDNALDSSHE 401: PEPSPADSFG KLGTSDHSRA LIPVASAAML APRPPNRKFK RTEQQLAAQR RIRRPFSVTE VEALVQAVEK LGTGRWRDVK VRAFEDADHR TYVDLKDKWK 501: TLVHTARISP QQRRGEPVPQ ELLDRVLKAH AYWSQHLMHQ LQTEPPSTQV EAL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)