AT3G45960.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : expansin-like A3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of EXPANSIN-LIKE. Naming convention from the Expansin Working Group (Kende et al, 2004. Plant Mol Bio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
expansin-like A3 (EXLA3); INVOLVED IN: plant-type cell wall organization, unidimensional cell growth, plant-type cell wall loosening; LOCATED IN: membrane, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: leaf apex, hypocotyl, root, flower, leaf; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pollen allergen, N-terminal (InterPro:IPR014734), Barwin-related endoglucanase (InterPro:IPR009009), Rare lipoprotein A (InterPro:IPR005132), Expansin/Lol pI (InterPro:IPR007118), Expansin 45, endoglucanase-like (InterPro:IPR007112), Pollen allergen/expansin, C-terminal (InterPro:IPR007117); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: expansin-like A1 (TAIR:AT3G45970.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:16892826..16893789 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28560.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 263 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRSFLYLIVV IFLFSSSVNA CDRCLHRSKA SYFSSASALS SGACAYGPMA TSFFAGHIAA AIPSIYKDGA GCGACFQVRC KNPKLCNSKG TIVMVTDLNT 101: SNQTDLVLSS RAFRAMAKPV VGVDKYLLKQ GIVDVEYQRV PCNYGKRNLN VRVEEASKKP NYLAIKLLYQ GGQTEVVGID IAPVGSSQWS YMSRSHGAVW 201: ATDKVPTGAL QFKFTVTGGY DGKTVWSKRV LPANWNSGRI YDAGVQITDI AQEGCDTCGH IWN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)