AT3G45660.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 0.819 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Major facilitator superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Major facilitator superfamily protein; FUNCTIONS IN: transporter activity; INVOLVED IN: oligopeptide transport; LOCATED IN: membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Oligopeptide transporter (InterPro:IPR000109), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nitrate excretion transporter1 (TAIR:AT3G45650.1); Has 4308 Blast hits to 4237 proteins in 696 species: Archae - 0; Bacteria - 1162; Metazoa - 465; Fungi - 314; Plants - 2110; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 257 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:16762205..16764241 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61488.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 557 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSGSVSRDAE ALKSADSSTR RSGGRITFPF MIVTLFGLTL ATLGWLQNLI VYLIEEYNMK SIAAAKILNI FSGFTFMFPA IGAIAADSFF GTIPVILVSS 101: FISLVGVVLL ALTTLFDSLR PQACETASKL CQAPTNIQLG VLYTAITLGC VGAGGLRFTL ATAGANQYEK TKDQGSFFNW FFFTWYLAAS ISATAIVYAE 201: ENISWSFGFG LCVAANLLGL IVFISGKKFY KHDKPLGSPF TSLLRVIFAA IRKRKAVVST NEKDYHSESK KTPTKSFRFF NRAALKQDDE VNSDGTIHNQ 301: WRLCSVQQVE DFKAVIRIIP LVLAILFLST PIAMQLGLTV LQGLVMDRRL GPHFKIPAGS LQVITLLSTC LFIIVNDRFL YPFYQKLTGK FPTPIQRVGI 401: GHVFNILSMA VTAIVEAKRL KIVQKGHFLG SSSVADMSVL WLFPPLVIVG IGEAFHFPGN VALCYQEFPE SMRSTATSIT SVLIGICFYT STALIDLIQK 501: TTAWLPDDIN HGRVDNVYWI LVIGGVLNLG YFLVCSWFYK YRNLENADHE QDANVSH |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)