AT3G45555.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.987 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, C6HC-type (InterPro:IPR002867), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box protein with C6HC-type zinc finger (TAIR:AT3G45580.1); Has 2546 Blast hits to 2530 proteins in 207 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1126; Fungi - 452; Plants - 617; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 351 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:16712368..16713009 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24966.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 213 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: METIDCEISL LVDPETCSIC FNDDFKSEQM YYVALCNHKF CLECMKRYIE VRLLEGTVLI CPYYQCESKL TLKSCFHILT SKLKAMWEQK IEEESIPVTE 101: RFYCPNPRCS ALMSKIELSK STLEDGFVRC FQCGERFCIN CKVSWQSNLS CDNCKKLGNN PTSDDKMLKV LANEKKWRQC EKCQHMIKLS EGCIHVTCMY 201: LSNHFLNYNP FKF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)