AT3G45470.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.552 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : IBR domain containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
IBR domain containing protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C6HC-type (InterPro:IPR002867), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT2G25360.1); Has 2895 Blast hits to 2887 proteins in 217 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1211; Fungi - 626; Plants - 637; Viruses - 2; Other Eukaryotes - 419 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:16680505..16681261 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25643.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 222 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKGETCVICL EETKADRMFV MDKCLHRHCY PCVNQLVEVK LRNGTVPTCL DYECKLKLSL ENCFKVLKPK VIELWKHMMK EESIPLAKRI YCPYINCSTL 101: MSKTEISRSN KSNDRACIKC SGLVCIDCKV PWHSDLSCAE YKKLHPDPVL DDLTLKLLAN DQKWRQCVKC RHLIELNQGC NHMTCRCGYQ FCYKCGVEWK 201: KGQVTCPTGC PRTGQGYFYD GE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)