AT3G45280.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.954 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : syntaxin of plants 72 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
syntaxin of plants 72 (SYP72) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
syntaxin of plants 72 (SYP72); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Target SNARE coiled-coil domain (InterPro:IPR000727), Syntaxin/epimorphin, conserved site (InterPro:IPR006012); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: syntaxin of plants 71 (TAIR:AT3G09740.1); Has 630 Blast hits to 628 proteins in 130 species: Archae - 2; Bacteria - 2; Metazoa - 232; Fungi - 58; Plants - 198; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 138 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:16611445..16613304 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30286.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.54 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 267 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MPVIDIIFRV DEICKKYDKY DIDKHREIGA SGDDAFSRLF TSIDSDIEAV LRKAELASTE KNRAAAVAMN AEVRRTKARL AEDVVKLQKL AVKKIKGLTR 101: EERESRCDLV IALADRLQAI PDGNEHGAKQ ANSDWGGASA PNKNIKFDMS EEDMDDGFFQ QSEESSQFRQ EYEMRRKKQD EGLDIISEGL DALKNLARDM 201: NEELDKQVPL MEEMETKVDG ATSDLKNTNV RLKKQLVQMR SSRNFCIDII LLCVILGIVS YIYNALN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)