AT3G45000.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.989 What is SUBAcon? |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : SNF7 family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
VPS24.2; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Snf7 (InterPro:IPR005024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SNF7 family protein (TAIR:AT5G22950.1); Has 1075 Blast hits to 1075 proteins in 225 species: Archae - 8; Bacteria - 4; Metazoa - 406; Fungi - 234; Plants - 299; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 124 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:16460348..16461407 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22038.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.63 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 200 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTIKSLLSDI EREERNVHKA IKDSVKRNDL VTAKALAREI VSSRRTVKRL YENKAQVNSI SMHLGESIAT AVTVGNLSKS GEVMKLVNSL MKAPEIAVTM 101: QAFSKEMTKT GVIEEFVSDA VDNALDSEDI EEEIEEEVDK VLTAIAGETA AELPEAVRKQ KMNVPAQKAE TLHGEDAIVE GVDAEEELEA IRYRLANVRS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)