AT3G44490.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : histone deacetylase 17 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
histone deacetylase 17 (hda17); FUNCTIONS IN: histone deacetylase activity; INVOLVED IN: histone deacetylation; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone deacetylase (InterPro:IPR003084), Histone deacetylase superfamily (InterPro:IPR000286); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histone deacetylase 9 (TAIR:AT3G44680.1); Has 1333 Blast hits to 1333 proteins in 312 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 601; Fungi - 334; Plants - 208; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 190 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:16097479..16098386 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 18117.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.59 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 158 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAFSMLFTGH AECVKFVKKF NLPLLVTGGG GYTKENVARC WTVETGILLD TELPNEISEN DYIKYFAPDF SLKIPGGHIE NLNTKSYISS IKVQILENLR 101: YIQHAPSVQM QEVPPDFYIP DFDEDEQNPD VRVDQRSRDK QIQRDDEYFD GDNDNDAS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)