AT3G43920.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.992 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : dicer-like 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a ribonuclease III family protein that is required for endogenous RDR2-dependent siRNA (but not miRNA) formation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
dicer-like 3 (DCL3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), Argonaute/Dicer protein, PAZ (InterPro:IPR003100), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021), Ribonuclease III (InterPro:IPR000999); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: dicer-like 1 (TAIR:AT1G01040.1); Has 13510 Blast hits to 8657 proteins in 2649 species: Archae - 187; Bacteria - 7967; Metazoa - 1616; Fungi - 695; Plants - 614; Viruses - 37; Other Eukaryotes - 2394 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:15753548..15760830 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 177435.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1580 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MHSSLEPEKM EEGGGSNSLK RKFSEIDGDQ NLDSVSSPMM TDSNGSYELK VYEVAKNRNI IAVLGTGIDK SEITKRLIKA MGSSDTDKRL IIFLAPTVNL 0101: VKQQCCEIRA LVNLKVEEYF GAKGVDKWTS QRWDEEFSKH DVLVMTPQIL LDVLRSAFLK LEMVCLLIID ECHHTTGNHP YAKLMKEFYH ESTSKPKIFG 0201: LTASAVIRKG IVSSPSNYAA QVSELERLMD SKIFNPEERE GVEKFATTVK EGPILYNPSP SCSLELKEKL ETSHLKFDAS LRRLQELGKD SFLNMDNKFE 0301: TYQKRLSIDY REILHCLDNL GLICAHLAAE VCLEKISDTK EESETYKECS MVCKEFLEDI LSTIGVYLPQ DDKSLVDLQQ NHLSAVISGH VSPKLKELFH 0401: LLDSFRGDKQ KQCLILVERI ITAKVIERFV KKEASLAYLN VLYLTENNPS TNVSAQKMQI EIPDLFQHGK VNLLFITDVV EEGFQVPDCS CMVCFDLPKT 0501: MCSYSQSQKH AKQSNSKSIM FLERGNPKQR DHLHDLMRRE VLIQDPEAPN LKSCPPPVKN GHGVKEIGSM VIPDSNITVS EEAASTQTMS DPPSRNEQLP 0601: PCKKLRLDNN LLQSNGKEKV ASSKSKSSSS AAGSKKRKEL HGTTCANALS GTWGENIDGA TFQAYKFDFC CNISGEVYSS FSLLLESTLA EDVGKVEMDL 0701: YLVRKLVKAS VSPCGQIRLS QEELVKAKYF QQFFFNGMFG KLFVGSKSQG TKREFLLQTD TSSLWHPAFM FLLLPVETND LASSATIDWS AINSCASIVE 0801: FLKKNSLLDL RDSDGNQCNT SSGQEVLLDD KMEETNLIHF ANASSDKNSL EELVVIAIHT GRIYSIVEAV SDSSAMSPFE VDASSGYATY AEYFNKKYGI 0901: VLAHPNQPLM KLKQSHHAHN LLVDFNEEMV VKTEPKAGNV RKRKPNIHAH LPPELLARID VPRAVLKSIY LLPSVMHRLE SLMLASQLRE EIDCSIDNFS 1001: ISSTSILEAV TTLTCPESFS MERLELLGDS VLKYVASCHL FLKYPDKDEG QLSRQRQSII SNSNLHRLTT SRKLQGYIRN GAFEPRRWTA PGQFSLFPVP 1101: CKCGIDTREV PLDPKFFTEN MTIKIGKSCD MGHRWVVSKS VSDCAEALIG AYYVSGGLSA SLHMMKWLGI DVDFDPNLVV EAINRVSLRC YIPKEDELIE 1201: LERKIQHEFS AKFLLKEAIT HSSLRESYSY ERLEFLGDSV LDFLITRHLF NTYEQTGPGE MTDLRSACVN NENFAQVAVK NNLHTHLQRC ATVLETQIND 1301: YLMSFQKPDE TGRSIPSIQG PKALGDVVES IAGALLIDTR LDLDQVWRVF EPLLSPLVTP DKLQLPPYRE LNELCDSLGY FFRVKCSNDG VKAQATIQLQ 1401: LDDVLLTGDG SEQTNKLALG KAASHLLTQL EKRNISRKTS LGDNQSSMDV NLACNHSDRE TLTSETTEIQ SIVIPFIGPI NMKKGGPRGT LHEFCKKHLW 1501: PMPTFDTSEE KSRTPFEFID GGEKRTSFSS FTSTITLRIP NREAVMYAGE ARPDKKSSFD SAVVELLYEL ERRKIVIIQK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)