AT3G42180.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 0.598 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Exostosin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Exostosin family protein; FUNCTIONS IN: transferase activity, transferring glycosyl groups, catalytic activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system, membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Exostosin-like (InterPro:IPR004263); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: xylogalacturonan deficient 1 (TAIR:AT5G33290.1); Has 1473 Blast hits to 1466 proteins in 119 species: Archae - 0; Bacteria - 10; Metazoa - 369; Fungi - 4; Plants - 967; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 123 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:14324300..14328644 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 54271.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 470 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSNNSSKSFC LLGFPLILIL LLSFLLFSSF PNNESPPQQF FSSLTMSSLL VHTNALQSSS SSSSLYSPPI TVKRRSNLEK REEELRKARA AIRRAVRFKN 101: CTSNEEVITY IPTGQIYRNS FAFHQSHIEM MKTFKVWSYK EGEQPLVHDG PVNDIYGIEG QFIDELSYVM GGPSGRFRAS RPEEAHAFFL PFSVANIVHY 201: VYQPITSPAD FNRARLHRIF NDYVDVVAHK HPFWNQSNGA DHFMVSCHDW APDVPDSKPE FFKNFMRGLC NANTSEGFRR NIDFSIPEIN IPKRKLKPPF 301: MGQNPENRTI LAFFAGRAHG YIREVLFSHW KGKDKDVQVY DHLTKGQNYH ELIGHSKFCL CPSGYEVASP REVEAIYSGC VPVVISDNYS LPFNDVLDWS 401: KFSVEIPVDK IPDIKKILQE IPHDKYLRMY RNVMKVRRHF VVNRPAQPFD VIHMILHSVW LRRLNIRLPS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)