AT3G29000.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.636 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Calcium-binding EF-hand family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Calcium-binding EF-hand family protein; FUNCTIONS IN: calcium ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), S100/Calbindin-D9k, conserved site (InterPro:IPR001751), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048), EF-hand (InterPro:IPR018248); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Calcium-binding EF-hand family protein (TAIR:AT5G39670.1); Has 12483 Blast hits to 8788 proteins in 1099 species: Archae - 1; Bacteria - 590; Metazoa - 4484; Fungi - 2236; Plants - 2672; Viruses - 72; Other Eukaryotes - 2428 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:11005791..11006375 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 22697.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 3.98 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 194 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESKSSSSSL PLFALFNFFL ISFCRWVSST RIFLSRFVPL LQHHQRVFDK KNNKDQQETL TKQEDDDDDD DDDDDDDDDD IDISREEAEM VMRSLGLFYN 101: DDQLQEQYSA KEVSSLFEEK EASLEEVKQA FDVFDENKDG FIDAIELQRV LTILGFKQGS YLDNCLVMIR SLDGNKDGKI DFNEFVKFME TSFY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)