AT3G28390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.748 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : P-glycoprotein 18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
P-glycoprotein 18 (PGP18); FUNCTIONS IN: ATPase activity, coupled to transmembrane movement of substances; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: integral to membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), ABC transporter-like (InterPro:IPR003439), ABC transporter, transmembrane domain, type 1 (InterPro:IPR011527), ABC transporter integral membrane type 1 (InterPro:IPR017940), ABC transporter, transmembrane domain (InterPro:IPR001140), ABC transporter, conserved site (InterPro:IPR017871); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: P-glycoprotein 17 (TAIR:AT3G28380.1); Has 821159 Blast hits to 385866 proteins in 4148 species: Archae - 14469; Bacteria - 641805; Metazoa - 17559; Fungi - 12131; Plants - 9466; Viruses - 43; Other Eukaryotes - 125686 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:10629425..10633967 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 134311.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.35 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1225 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MMKSFGSIRS IFMHADGVDW MLMALGLIGA VGDGFITPII FFICSKLLNN VGGSSFDDET FMQTVAKNAV ALVYVACASW VICFIEGYCW TRTGERQAAK 0101: MREKYLKAVL RQDVGYFDLH VTSTSDVITS VSSDSLVIQD FLSEKLPNFL MNTSAFVASY IVGFLLLWRL TIVGFPFIIL LLIPGLMYGR ALIRISMKIR 0201: EEYNEAGSIA EQVISSVRTV YAFGSEKKMI EKFSTALQGS VKLGLRQGLA KGIAIGSNGI TYAIWGFLTW YGSRMVMNHG SKGGTVSSVI VCVTFGGTSL 0301: GQSLSNLKYF SEAFVVGERI MKVINRVPGI DSDNLEGQIL EKTRGEVEFN HVKFTYPSRP ETPIFDDLCL RVPSGKTVAL VGGSGSGKST VISLLQRFYD 0401: PIAGEILIDG LPINKLQVKW LRSQMGLVSQ EPVLFATSIK ENILFGKEDA SMDEVVEAAK ASNAHSFISQ FPNSYQTQVG ERGVQLSGGQ KQRIAIARAI 0501: IKSPIILLLD EATSALDSES ERVVQEALDN ASIGRTTIVI AHRLSTIRNA DVICVVHNGR IIETGSHEEL LEKLDGQYTS LVRLQQVDNK ESDHISVEEG 0601: QASSLSKDLK YSPKEFIHST SSNIVRDFPN LSPKDGKSLV PSFKRLMSMN RPEWKHALYG CLGAALFGAV QPIYSYSSGS MVSVYFLASH DQIKEKTRIY 0701: VLLFVGLALF TFLSNISQHY GFAYMGEYLT KRIRERMLGK ILTFEVNWFD KDENSSGAIC SRLAKDANMV RSLVGDRMSL LVQTISAVSI TCAIGLVISW 0801: RFSIVMMSVQ PVIVVCFYTQ RVLLKSMSRN AIKGQDESSK LAAEAVSNIR TITAFSSQER IINLLKMVQE GPRKDSARQS WLAGIMLGTS QSLITCVSAL 0901: NFWYGGKLIA DGKMMSKEFL EIFLIFASTG RVIAEAGTMT KDLVKGSDAV ASVFAVLDRN TTIEPENPDG YVPKKVKGQI SFSNVDFAYP TRPDVIIFQN 1001: FSIDIEDGKS TAIVGPSGSG KSTIISLIER FYDPLKGIVK IDGRDIRSCH LRSLRQHIAL VSQEPTLFAG TIRENIMYGG ASNKIDESEI IEAAKAANAH 1101: DFITSLSNGY DTCCGDRGVQ LSGGQKQRIA IARAVLKNPS VLLLDEATSA LDSQSESVVQ DALERLMVGR TSVVIAHRLS TIQKCDTIAV LENGAVVECG 1201: NHSSLLAKGP KGAYFSLVSL QRTLF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)