AT3G28300.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein of unknown function (DUF677) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Possesses a transmembrane domain and a small region that has sequence similarities to integrins from fungi, insects and humans. Is localized to plasma membrane and cytoplasm. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
AT14A; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF677 (InterPro:IPR007749); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein of unknown function (DUF677) (TAIR:AT3G28290.1); Has 228 Blast hits to 220 proteins in 54 species: Archae - 6; Bacteria - 60; Metazoa - 5; Fungi - 4; Plants - 134; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 19 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:10566106..10567263 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 42957.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.71 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 385 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVLSKENMLK YSAHLRAYNS ACGDHPELKS FDSELQQKTS NLINSFTSDA KTGLVPLPQH AAYKEFTKHL AEVNQQVSDY IIGYGEVVWE NSTLRSLVET 101: YFESAKKTLD IAENVTEYVD EAKRGERYIV AAVAQFEKDK ENDVGKKTKR YENTLRELKK FEAMGNPFDG DKFTTLFKLM HKEQESLLER VRETKEKLDE 201: ELKNIEMEIS SRKKWSIISN VLFIGAFVAV AVGSMVLVCT GVGAGVGVAG LLSLPLIAIG WVGVHTILEN KIQAREKQEE ALKKAHRIAN EMDKGMETDK 301: VDMNSISGKV HALKSKITSM LNAVKDATED GANEVDTKQV METLTGDVVE LTEDIKAVGD DVAKYSKMIE ETSYHVLQKI TGSGK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)