AT3G27980.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily; FUNCTIONS IN: enzyme inhibitor activity, pectinesterase activity; INVOLVED IN: cell wall modification; LOCATED IN: membrane, plant-type cell wall; EXPRESSED IN: flower, leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectinesterase, active site (InterPro:IPR018040), Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), Pectinesterase inhibitor (InterPro:IPR006501), Pectinesterase, catalytic (InterPro:IPR000070), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant invertase/pectin methylesterase inhibitor superfamily (TAIR:AT1G11590.1); Has 2756 Blast hits to 2709 proteins in 360 species: Archae - 6; Bacteria - 689; Metazoa - 1; Fungi - 195; Plants - 1840; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 25 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:10393904..10395861 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55461.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.68 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 497 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLVKVFSFFI LMIIMVIGVS KEYCDDKQSC QNLLLELKAG SSSLSEIRRR DLLIIVLKNS VRRIDMAMIG VMDDTKQHEE MENDMLGVKE DTNLFEEMME 101: SEENSHTWLS SVLTSYITCI DEIGEGAYKR RVEPKLENLI SRARVVLALF ISISLRDNTE LISVIPNGPS WLFHVDKKDL YLNAEIADVV VAKDGTGKYS 201: TVNAAIAAAP QHSQKRFVIY IKTGIYDEIV VIENTKPNLT LIGDGQDLTI ITGNLSASNV RRTYNTATVA SNGNGFIGVD MCFRNTAGPA KGPAVALRVS 301: GDMSVIYRCR VEGYQDALYP HSDRQFYREC FITGTVDFIC GNAVAVFQFC QIVARQPKMG QSNVITAQSR ATKDVKSGFS IQNCNITTSS DLDTATVKTY 401: LGRPWRRFST VAVLQSFIGD LVDPAGWTPW KGETGLSTLH YREYQNRGPG AVTSRRVKWS GFKVMKDPKK ATEFTVAKLL DGETWLKESR IPYESGL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)