AT3G27840.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ribosomal protein L12-B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
50S ribosomal protein L12-B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ribosomal protein L12-B (RPL12-B); FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: plastid large ribosomal subunit, large ribosomal subunit; EXPRESSED IN: petiole; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein L12, chloroplast (InterPro:IPR015608), Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like (InterPro:IPR014719), Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation (InterPro:IPR008932), Ribosomal protein L7/L12, C-terminal (InterPro:IPR013823); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ribosomal protein L12-A (TAIR:AT3G27830.1); Has 8338 Blast hits to 8338 proteins in 2732 species: Archae - 0; Bacteria - 5642; Metazoa - 147; Fungi - 128; Plants - 247; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2174 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:10323354..10323935 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20594.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 193 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAATTLSIAT TIRSSSFSSG LASAHHFPSR PLSIEFPFSF GVSSSSTLSH RAIYLHPISA VKTPKKIKKI GSEISSLTLE ESRILVDYVQ DKFGVSILFS 101: APAAAALPPP LDNGGATASV ERQTTFDVVI NDVPRGNRIA VITAIRAMTS LSLSESKELI EGFPKKFKEG VTKDEAEEDK TQLEEAGAKV SIV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)