AT3G27730.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ATP binding;ATP-dependent helicases;DNA helicases | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
DNA helicase required for interference-sensitive meiotic crossover events. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ROCK-N-ROLLERS (RCK); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: ATPase, AAA+ type, core (InterPro:IPR003593), DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), Sec63 domain (InterPro:IPR004179), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: U5 small nuclear ribonucleoprotein helicase (TAIR:AT5G61140.2); Has 10425 Blast hits to 9108 proteins in 1594 species: Archae - 861; Bacteria - 4193; Metazoa - 1363; Fungi - 1417; Plants - 555; Viruses - 24; Other Eukaryotes - 2012 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:10273952..10280213 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 128297.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1133 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MDTHTLKSVS DLPGNFRSAF SFRYFNSLQS ECFPLCFHSD INMIISAPTG SGKTVLFELC ILRLFSKSIS KEGSFLHAKG ALKTVYISPS KALVQEKLRD 0101: WNQKFNSWGI SCLELTGDNE TYSTKNIQDA DIILTTPEKF DAVSRYRVTS GGLGFFSDIA LVLIDEVHLL NDPRGAALEA IVSRLKILSS NHELRSSTLA 0201: SVRLLAVSAT IPNIEDLAEW LKVPTAGIKR FGEEMRPVKL TTKVFGYAAA KNDFLFEKRL QNYIYDILMQ YSKGKSALVF CSTRKGAQEA AQKLAQTAMT 0301: YGYSNPFIKS REQLERLREA SPMCSDKQMQ SYILQGVGYH NGGLCQKDRS LVEGLFLNGD IQVICTTNTL AHGINLPAHT VVIKSTQHFN KEKGHYMEYD 0401: RSTLLQMSGR AGRPPFDDTG MVIIMTRRET VHLYENLLNG CEVVESQLLP CLIEHLTAEI VQLTISDITR AIEWMKCSYL YVRMKKNPEN YAIKKGIPKD 0501: RVEKHLQELC LQKINELSQY QMIWTDTDGF VLKPEEPGRL MTKYYLKFET MKYIINTPTS YSLDEALHIV CHAEEISWIQ LRRNEKKTLN DVNADKEGRL 0601: RFHINDNKGK RKKRIQTREE KLFVLANDWL TGDPSVHDLS MTQDANSICS NGSRIARCMK EYFIYKKNYK GTLSSTLLAK SLYQKLWDDS PYLLKQLPGI 0701: GMVTAKALHS MGVRSFEALA EADPRRIEIV TGRKYPFGNT IKESLSSLPP KVEIKVEEVD CQKQGISKLA VTLSRVSQPL QSTKRHYADL IVGSEEENLI 0801: HFHEKIRMED FSSPYSVTVL LERPHQQTKV TVKADLIFEE YIGIDLHETL LLKKANNNKV NYKSENRMPQ YYPPMASACI ADDDNPVTSG PSNRKDKKDD 0901: MPSFKLIDDD SEEEKEPYVT MEEDDCVIIN EHTVFDHIRE KAKCFPSLNP LNPTSSPASG KSILKRKSLV ENNSPELDPL FQYDSVFDLP TNTKDIKQSA 1001: QQITSPGYAS FAEKTETERP FSDETIFNYI RKRSKNSPAL ATSKIENPIT ISSQEGRNAE ISPYRTYGLL VSPATKIPRI TSDAPSEILS FDISMVKRSD 1101: TSLEQTKGFC STLAGKSNVS DSFLGFKSIF SFL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)