AT3G27710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ARIADNE 3 (ARI3); FUNCTIONS IN: zinc ion binding; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C6HC-type (InterPro:IPR002867), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RING/U-box superfamily protein (TAIR:AT4G34370.1); Has 3131 Blast hits to 3105 proteins in 234 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 1303; Fungi - 627; Plants - 676; Viruses - 17; Other Eukaryotes - 504 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:10269304..10270917 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 62157.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.02 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 537 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDDDYMMLDD DYGEEEDENY SEDDNYSEAE VDLQPVTSTK STSQVIKKES LVAAQKEILV RVMELLSVKE NQARTLLIYY QWNVEKLFSV FADQGKDRMF 101: SCAGLTVFVP SLVTSKKTMK CDVCMEDDLP SNVMTRMECG HRFCNDCWIG HFTVKINEGE SKRILCMAHE CKAICDEDVV RKLVSPELAD RYDRFLIESY 201: VEDNNMVKWC PSKPHCGSAI RKIEDGHDVV EVGCSCGLQF CFSCLSESHS PCSCLMWKLW KKKCEDESET VNWITVNTKL CPKCSKPIQK RDGCNLMTCK 301: CGQHFCWLCG QATGRDHTYT SIAGHSCGRY KDEKVRQLER AQRDLDRYTH YHYRYKAHID SLKLEDKLRK SILEKAVSNS ETKDQKVFKE YSWVTDAVNR 401: LFISRRILSQ SYPFAFYMFG EELFKDEMSE KEREIKKNLF EDQQQQLEGN VEKLSKILEE PFDEYDHEKV VEMMRHLTNL TAVVDNLCKE MYECIENELL 501: GPIQFGNHNI APYRSKGIEQ ATEFCAESSD CGSSGSS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)