AT3G27430.3
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : N-terminal nucleophile aminohydrolases (Ntn hydrolases) superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes 20S proteasome beta subunit PBB1 (PBB1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PBB1; FUNCTIONS IN: peptidase activity, endopeptidase activity, threonine-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: proteasome core complex, proteasome complex; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase T1A, proteasome beta-subunit (InterPro:IPR000243), Proteasome, subunit alpha/beta (InterPro:IPR001353); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 20S proteasome beta subunit PBB2 (TAIR:AT5G40580.3). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:10152910..10155052 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28898.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.86 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 267 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSQSTVDVPP KGGFSFDLCK RNDMLTQKGL KAPSFLKTGT TIDGVILGAD TRATEGPIVA DKNCEKIHYM APNIYCCGAG TAADTEAVTD MVSSQLRLHR 101: YQTGRDSRVI TALTLLKKHL FSYQGHVSAA LVLGGVDITG PHLHTIYPHG STDTLPFATM GSGSLAAMSV FEAKYKEGLT RDEGIKLVAE SICSGIFNDL 201: GSGSNVDICV ITKGNKEYLR NYMEPNPRTY VSSKGYSFTK KTEVLLTKIT PLLERVEITE VGEAMEE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)