AT3G25530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : glyoxylate reductase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes gamma-hydroxybutyrate dehydrogenase (AtGHBDH). Contains a NADP-binding domain. GHBDH is proposed to function in oxidative stress tolerance. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
glyoxylate reductase 1 (GLYR1); FUNCTIONS IN: 3-hydroxybutyrate dehydrogenase activity, phosphogluconate dehydrogenase (decarboxylating) activity; INVOLVED IN: response to oxidative stress; LOCATED IN: cytosol; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: 6-phosphogluconate dehydrogenase, NAD-binding (InterPro:IPR006115), 6-phosphogluconate dehydrogenase, C-terminal-like (InterPro:IPR008927), Dehydrogenase, multihelical (InterPro:IPR013328), 3-hydroxyacid dehydrogenase/reductase (InterPro:IPR015815), 6-phosphogluconate dehydrogenase (InterPro:IPR006183), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), 3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase-related, conserved site (InterPro:IPR002204); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: glyoxylate reductase 2 (TAIR:AT1G17650.1); Has 17561 Blast hits to 17531 proteins in 2324 species: Archae - 147; Bacteria - 10853; Metazoa - 400; Fungi - 503; Plants - 354; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 5299 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:9271949..9273514 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30693.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 289 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEVGFLGLGI MGKAMSMNLL KNGFKVTVWN RTLSKCDELV EHGASVCESP AEVIKKCKYT IAMLSDPCAA LSVVFDKGGV LEQICEGKGY IDMSTVDAET 101: SLKINEAITG KGGRFVEGPV SGSKKPAEDG QLIILAAGDK ALFEESIPAF DVLGKRSFYL GQVGNGAKMK LIVNMIMGSM MNAFSEGLVL ADKSGLSSDT 201: LLDILDLGAM TNPMFKGKGP SMNKSSYPPA FPLKHQQKDM RLALALGDEN AVSMPVAAAA NEAFKKARSL GLGDLDFSAV IEAVKFSRE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)