AT3G24230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Pectate lyase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Pectate lyase family protein; FUNCTIONS IN: lyase activity, pectate lyase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 17 plant structures; EXPRESSED DURING: 9 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pectin lyase fold/virulence factor (InterPro:IPR011050), AmbAllergen (InterPro:IPR018082), Pectate lyase/Amb allergen (InterPro:IPR002022), Pectin lyase fold (InterPro:IPR012334), Parallel beta-helix repeat (InterPro:IPR006626); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Pectin lyase-like superfamily protein (TAIR:AT4G13710.2); Has 1589 Blast hits to 1579 proteins in 269 species: Archae - 0; Bacteria - 695; Metazoa - 0; Fungi - 186; Plants - 699; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:8774637..8777306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49988.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.44 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 452 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATSSLKLTS ACFVLLFIFV GCVLTATNLR NNEISRSRKL KTEDSKSFNS SPMTTRLDGV VELNEHAVTD PDKVAHEVSN LIHMSEQNIT ARRKLGFFSC 101: GNGNLIDDCW RCDRNWNKNR KHLADCGMGF GSKAFGGRNG SYYVVTDHSD DDVVNPKPGT LRHAVIQVEP LWIIFKRDMV IKLKQELIMN SFKTIDARGA 201: NVHIANGACI TIQNITNVIV HGLHIHDCKR TGNVTVRSSP SQAGFRGTAD GDAINIFGSS HIWIDHNSLS NCTDGLVDVV NGSTAITISN NHFTHHDEVM 301: LLGHNDSYTR DKMMQVTVAY NHFGEGLIQR MPRCRHGYFH VVNNDYTHWK MYAIGGSANP TINSQGNRFA APKNHSAKEV TKRLDTKGNE WMEWNWRSEK 401: DLLVNGAFFT PSGEGASGDS QTLSLPAKPA SMVDAITASA GALSCRRGKP CY |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)