AT3G23060.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RING/U-box superfamily protein; FUNCTIONS IN: zinc ion binding; EXPRESSED IN: central cell, flower; EXPRESSED DURING: 4 anthesis; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type, conserved site (InterPro:IPR017907), Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C3HC4 RING-type (InterPro:IPR018957); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DREB2A-interacting protein 2 (TAIR:AT2G30580.1); Has 1905 Blast hits to 1881 proteins in 164 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 1370; Fungi - 69; Plants - 271; Viruses - 4; Other Eukaryotes - 187 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:8200868..8203116 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53667.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 480 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLTKVLSKEV KPCLACPICT NPFKDATTIS ECLHTFCRSC IRNKFINERV NACPVCNVNL GVFPLEKLRS DCTWQDLKLK IYRAMMESLK KAGPKTVAAS 101: VKSSKKKRKS RTSLRVSSSR VSSSPDTPLE PANVVVEPPN VVVEEKHRET VLALQSTRKP IITFQKRGRK ASLPKKIDSK PEPELPPKEP KIKNLFDLNN 201: EPEDNGLDEA EGSTFQEVVP KEKDLCKPIF SLSVTLNIND TPPDIVEPEI SSDDDTEESV EPIQNKCVVN RETKEVPVQV NQNSLLISSD RDREDNSGQK 301: LKTNGAATSR SRKKKGKKPV EKSYSLRPRI GRRTVNPAAG TTTPEAPVSV EEEMKVEEGR NNNPVWFSLK PSKTQNIEML LPPITACCIR VKDSNMTVSY 401: LKKYLMVKLG LESEDQVEIW LRDEPVCSSL TLHNLVDWWV QTTPLPERQS AMVGSSAAEF IMDLYYSFKS DASDSGSASE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)