AT3G22930.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.629 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : calmodulin-like 11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a calmodulin-like protein. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
calmodulin-like 11 (CML11); FUNCTIONS IN: calcium ion binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: LP.06 six leaves visible, LP.04 four leaves visible, LP.10 ten leaves visible, LP.08 eight leaves visible, LP.12 twelve leaves visible; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048), EF-hand (InterPro:IPR018248); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: calmodulin 8 (TAIR:AT4G14640.1); Has 78552 Blast hits to 30137 proteins in 1944 species: Archae - 3; Bacteria - 1828; Metazoa - 29480; Fungi - 11871; Plants - 7631; Viruses - 160; Other Eukaryotes - 27579 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:8124286..8125835 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20072.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 3.61 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 173 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEEIQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQELTQ EQIMEFKEAF CLFDKDGDGC ITADELATVI RSLDQNPTEQ ELQDMITEID SDGNGTIEFS EFLNLMANQL 101: QETDADEELK EAFKVFDKDQ NGYISASELR HVMINLGEKL TDEEVDQMIK EADLDGDGQV NYDEFVRMMM ING |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)