AT3G21660.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : UBX domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
UBX domain-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: UBX (InterPro:IPR001012), SEP domain (InterPro:IPR012989); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: serine/threonine protein phosphatase 2A 55 kDa regulatory subunit B prime gamma (TAIR:AT4G15410.1); Has 1125 Blast hits to 712 proteins in 211 species: Archae - 0; Bacteria - 35; Metazoa - 526; Fungi - 227; Plants - 187; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 150 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:7624495..7626654 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47952.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 435 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDVNSPETTE KHLNEVSADA AKPNVPNPND ELLRRNPSSF PNLRIKIPTS SFSTFDGSSG YSPSRLQLRP PWPSLKRAAA NPFSRQNKRR QGAGNVRIDD 101: FSGGTGSDSD EAVEHYGGEE NRAIERPEQS SRSMSEETVS SELEEEPQKV FTHTVTSWSN GFTVDDSSLK TLDDPENATF LEIISSMESP RELGQVRVQV 201: KIISREEENY TESQAGSDSA STKPPPALAM RAKESAIERS EQSSKVLSGE TDSAELQEQQ QEDQPYEVVT YTVTIWRNGF TVDDDPFKSL DDPENAAFLE 301: YMPEDNKFGV PTTTRSTSCS SQTHQELQTL AGSESTSTEP PLTTTQPPSM SSLVVDPAAP TTSIQLILAD STRIVTQFNT HHTIRDIRCF IDTSRPDGSK 401: DYQLLIMGSP PTPLSDFDQT IEKAGIANSV LVQKF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)