AT3G20460.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.826 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Major facilitator superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Major facilitator superfamily protein; FUNCTIONS IN: carbohydrate transmembrane transporter activity, sugar:hydrogen symporter activity; INVOLVED IN: transport, transmembrane transport; LOCATED IN: integral to membrane, membrane; EXPRESSED IN: 16 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Sugar transporter, conserved site (InterPro:IPR005829), Major facilitator superfamily (InterPro:IPR020846), General substrate transporter (InterPro:IPR005828), Sugar/inositol transporter (InterPro:IPR003663), Major facilitator superfamily, general substrate transporter (InterPro:IPR016196); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Major facilitator superfamily protein (TAIR:AT3G05165.3); Has 26232 Blast hits to 25502 proteins in 2008 species: Archae - 474; Bacteria - 10613; Metazoa - 5190; Fungi - 6433; Plants - 2269; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1253 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:7135050..7139469 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53054.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 488 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDEPLLQKV KIQEDIESVP LLQKVKIQED IESVKGIRVN NDGEEDGPVT LILLFTTFTA LCGTFSYGTA AGFTSPAQTG IMAGLNLSLA EFSFFGAVLT 101: IGGLVGAAMS GKLADVFGRR GALGVSNSFC MAGWLMIAFS QATWSLDIGR LFLGVAAGVA SYVVPVYIVE IAPKKVRGTF SAINSLVMCA SVAVTYLLGS 201: VISWQKLALI STVPCVFEFV GLFFIPESPR WLSRNGRVKE SEVSLQRLRG NNTDITKEAA EIKKYMDNLQ EFKEDGFFDL FNPRYSRVVT VGIGLLVLQQ 301: LGGLSGYTFY LSSIFKKSGF PNNVGVMMAS VVQSVTSVLG IVIVDKYGRR SLLTVATIMM CLGSLITGLS FLFQSYGLLE HYTPISTFMG VLVFLTSITI 401: GIGGIPWVMI SEMTPINIKG SAGTLCNLTS WSSNWFVSYT FNFLFQWSSS GVFFIYTMIS GVGILFVMKM VPETRGRSLE EIQAAITR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)