AT3G19350.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.997 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : maternally expressed pab C-terminal | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a the C-terminal domain of poly(A) binding proteins. MPC is imprinted such that only the maternal allele is expressed in the endosperm. MPC is silenced by the action of MET1 and its expression is promoted by DEM. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
maternally expressed pab C-terminal (MPC); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Polyadenylate-binding protein/Hyperplastic disc protein (InterPro:IPR002004); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: poly(A) binding protein 8 (TAIR:AT1G49760.2); Has 865 Blast hits to 863 proteins in 191 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 523; Fungi - 105; Plants - 148; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 89 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:6705526..6705929 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 11819.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 103 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNRLCFFNKV VKVARGDSPP FDLASLPPKE QRDLIGETLF FMVEELEPQF APKITGMILE LDQDKVLHLL VTPKAFKEMV KEAMEVLAHS FLQQMKIARG 101: KRC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)