AT3G19160.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ATP/ADP isopentenyltransferases | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes cytokinin synthase. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ATP/ADP isopentenyltransferases (IPT8); FUNCTIONS IN: AMP dimethylallyltransferase activity, ATP/ADP dimethylallyltransferase activity; INVOLVED IN: cytokinin biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: flower, endosperm, leaf; EXPRESSED DURING: LP.06 six leaves visible, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage, LP.08 eight leaves visible, LP.12 twelve leaves visible; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: tRNA isopentenyltransferase (InterPro:IPR002627); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: isopentenyltransferase 1 (TAIR:AT1G68460.1); Has 7761 Blast hits to 7589 proteins in 2594 species: Archae - 0; Bacteria - 5318; Metazoa - 182; Fungi - 164; Plants - 290; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1807 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:6621993..6623236 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37323.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 330 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MQNLTSTFVS PSMIPITSPR LRLPPPRSVV PMTTVCMEQS YKQKVVVIMG ATGSGKSCLS IDLATRFSGE IVNSDKIQFY DGLKVTTNQM SILERCGVPH 101: HLLGELPPDD SELTTSEFRS LASRSISEIT ARGNLPIIAG GSNSFIHALL VDRFDPKTYP FSSETSISSG LRYECCFLWV DVSVSVLFEY LSKRVDQMME 201: SGMFEELAGF YDPRYSGSAI RAHGIHKTIG IPEFDRYFSL YPPERKQKMS EWDQARKGAY DEAVQEIKEN TWRLAKKQIE RIMKLKSSGW DIQRLDATPS 301: FGRSSREIWD NTVLDESIKV VKRFLVKDKV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)