AT3G19140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.978 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RING/U-box superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
DAY NEUTRAL FLOWERING (DNF) is a membrane-bound E3 ligase involved in the regulation of flowering time in Arabidopsis. It negetively regulate the early flowering under Short Day condition. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
DAY NEUTRAL FLOWERING (DNF); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) family protein (TAIR:AT3G14320.1); Has 4985 Blast hits to 4971 proteins in 220 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 1264; Fungi - 164; Plants - 3129; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 425 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:6614910..6615335 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 15950.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.10 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 141 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNEDALEAVR SRTFFAILTV FYSIFRCCLA YCNKGDDDHL IHPSHSLHVI KATGINPSVL LSIPVVSFNA NAFKDNIECV VCLSKFIDED KARVLPSCNH 101: CFHFDFTDTW LHSDYTCPNC RKNVEEIQNH ELSLSPNPNS G |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)