AT3G19090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.998 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RNA-binding protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RNA-binding protein; FUNCTIONS IN: RNA binding, nucleotide binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: RNA processing; LOCATED IN: ribonucleoprotein complex, nucleus; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Winged helix-turn-helix transcription repressor DNA-binding (InterPro:IPR011991), RNA-binding protein Lupus La (InterPro:IPR006630), Lupus La protein (InterPro:IPR002344), RNA recognition motif, RNP-1 (InterPro:IPR000504), Nucleotide-binding, alpha-beta plait (InterPro:IPR012677), Ataxin-2, C-terminal (InterPro:IPR009818); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RNA-binding protein (TAIR:AT2G43970.1); Has 912 Blast hits to 912 proteins in 142 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 538; Fungi - 65; Plants - 233; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 74 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:6601466..6603709 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 48961.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.58 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 455 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQMQREEVE SVTTEKKRLD GGGGSSGAQA TAFKFNAQAP EFVPRSHTTA PAPQVSPVSG YFYPCFHYNG GCIGGCGGGV CGGGGTGVGT QSSDWIYVGG 101: GDPTAQHQHV HDPAAAFYIS NPAVQFPASQ NSSSSSKNLL SDDLRLKIVK QVEYQFTDMS LLANESISKH ISKDPEGYVP VSYIASTKKI KALTSNHHLV 201: SLALRSSSKL VVSEDGKKVK RTSQFTDRDR EELQGRTVVA ENLPDDHSYQ NLEKIFGVVG NVKAIRICHP PESNSSRPKG DFLMSNKIHA LIEYDNTVIA 301: DKAVEKLNDE RNWRKGLRVR LLLRCSPKSV LKNRRNFDGI LIDDELPSYE SGEDSPRLHL TESQLDNDGD DNNVGGLWGK GRGKGRGRSP RSYAVGGGGR 401: SFGIGLGVSL GIPSLGSHES SSPKTATKGP RMPDGTRGFT MGRGKPSISL SPNNL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)