AT3G18220.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.812 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Phosphatidic acid phosphatase (PAP2) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Phosphatidic acid phosphatase (PAP2) family protein; FUNCTIONS IN: catalytic activity, phosphatidate phosphatase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phosphatidic acid phosphatase/chloroperoxidase, N-terminal (InterPro:IPR016118), Phosphatidic acid phosphatase type 2/haloperoxidase (InterPro:IPR000326); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lipid phosphate phosphatase 2 (TAIR:AT1G15080.1); Has 2090 Blast hits to 2085 proteins in 382 species: Archae - 5; Bacteria - 336; Metazoa - 902; Fungi - 401; Plants - 197; Viruses - 3; Other Eukaryotes - 246 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:6248355..6249799 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35103.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 308 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAKIMLGSHS VKSHGWKVAR EHLCDWLILV VLGLIDIVLN VIEPFHRYIG PDMLTDLTFP FYEDTIPMWA VPIICILVPI CIFIVYYYYR RDVYDLHHAI 101: LGIGFSCLVT GVTTDSIKDA VGRPRPNFFY RCFPNGKPKF HPDTKDVVCH GVKKIIKEGY KSFPSGHTSW SFAGLTFLAW YLSGKIKVFD RRGHVAKLCL 201: VFLPILISIL IGISRVDDYW HHWTDVFAGA IIGIFVASFS YLHFFPYPYD ENGWAPHAYF RMLAERSTGR ATTMTRTGSR GMLGNDVEPG NSASSPHDRH 301: RESTDSDF |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)