AT3G17100.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : sequence-specific DNA binding transcription factors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
sequence-specific DNA binding transcription factors; FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; BEST Arabidopsis thaliana protein match is: basic helix-loop-helix (bHLH) DNA-binding superfamily protein (TAIR:AT3G06590.2); Has 168 Blast hits to 168 proteins in 13 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 2; Fungi - 0; Plants - 166; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5831552..5832244 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25312.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 12.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 230 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MESISPVSNQ LLQPTTTSSN SDRSRRKRKK KSSPSSVEKS PSPSISLEKW RSEKQQQIYS TKLVHALREL RISQQPSSSS SSSIPRGGRA VREVADRALA 101: VAARGKTLWS RAILSKAVKL KFRKHKRQRI SNPTTTTLTT GSIRSKKQRA TVLRLKAKGL PAVQRKVKVL SRLVPGCRKQ SLPVVLEETT DYIAAMEMQI 201: RTMTAILSAV SSSPPPPTPG HEGGQTHMLG |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)