AT3G16420.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.935 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : PYK10-binding protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
The PBP1(PYK10-binding protein 1) assists the PYK10 (beta-glucosidase complex) in its activity and may act like a molecular chaperone that facilitates the correct polymerization of PYK10, when tissues are damaged and subcellular structures are destroyed by pests. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
PYK10-binding protein 1 (PBP1); FUNCTIONS IN: copper ion binding; INVOLVED IN: protein folding; LOCATED IN: cytosol, nucleus; EXPRESSED IN: root, seed, leaf; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mannose-binding lectin (InterPro:IPR001229); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: jacalin-related lectin 31 (TAIR:AT3G16430.2); Has 1598 Blast hits to 769 proteins in 41 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 0; Fungi - 4; Plants - 1590; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5579560..5580674 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 32159.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 298 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQKVEAQGG KGANLWDDGS THDAVTKIQL AAGIDGIQYV QFDYVKNGQP EQAPLRGTKG RVLPADPFVI NHPDEHLVSV EGWYSPEGII QGIKFISNKK 101: TSDVIGSDEG THFTLQVKDK KIIGFHGSAG GNLNSLGAYF APLTTTTPLT PAKQLTAFGS DDGTVWDDGA YVGVKKVYVG QAQDGISAVK FVYDKSPEEV 201: TGEEHGKSTL LGFEEFVLDY PSEYITAVDG TYDKIFGSDG SVITMLRFKT NKQTSPPFGL EAGTVFELKE EGHKIVGFHG RADVLLHKIG VHVRPLSN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)