AT3G16400.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:vacuole 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : nitrile specifier protein 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a nitrile-specifier protein NSP1 responsible for constitutive and herbivore-induced simple nitrile formation in rosette leaves. NSP1 is one out of five (At3g16400/NSP1, At2g33070/NSP2, At3g16390/NSP3, At3g16410/NSP4 and At5g48180/NSP5) A. thaliana epithiospecifier protein (ESP) homologues that promote simple nitrile, but not epithionitrile or thiocyanate formation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nitrile specifier protein 1 (NSP1); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: glucosinolate catabolic process, response to herbivore, nitrile biosynthetic process; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: rosette leaf, cotyledon, guard cell, leaf; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Kelch repeat type 1 (InterPro:IPR006652), Galactose oxidase/kelch, beta-propeller (InterPro:IPR011043), Myrosinase-binding related, jacalin-like lectin (InterPro:IPR017388), Mannose-binding lectin (InterPro:IPR001229), Kelch-type beta propeller (InterPro:IPR015915); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nitrile specifier protein 4 (TAIR:AT3G16410.1); Has 12798 Blast hits to 6850 proteins in 422 species: Archae - 13; Bacteria - 486; Metazoa - 7547; Fungi - 708; Plants - 2515; Viruses - 41; Other Eukaryotes - 1488 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5566516..5568330 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51672.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 470 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQKLEAKGG EMGDVWDDGV YENVRKVYVG QAQYGIAFVK FEYVNGSQVV VGDEHGKKTE LGVEEFEIDA DDYIVYVEGY REKVNDMTSE MITFLSIKTF 101: KGKTSHPIEK RPGVKFVLHG GKIVGFHGRS TDVLHSLGAY VSLSSTIKLL GKWIKVEQKG EGPGLRCSHG IAQVGNKIYS FGGEFTPNQP IDKHLYVFDL 201: ETRTWSISPA TGDVPHLSCL GVRMVSVGST LYVFGGRDAS RQYNGFYSFD TTTNEWKLLT PVEEGPTPRS FHSMAADEEN VYVFGGVSAT ARLNTLDSYN 301: IVDKKWFHCS TPGDSLTARG GAGLEVVQGK VWVVYGFNGC EVDDVHYYDP VQDKWTQVET FGVRPSERSV FASAAIGKHI VIFGGEIAMD PLAHVGPGQL 401: TDGTFALDTE TLQWERLDKF GGEEETPSSR GWTASTTATI DGKKGLVMHG GKAPTNDRFD DLFFYGIDSA |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)