AT3G16390.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.952 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : nitrile specifier protein 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a nitrile-specifier protein NSP3. NSP3 is one out of five (At3g16400/NSP1, At2g33070/NSP2, At3g16390/NSP3, At3g16410/NSP4 and At5g48180/NSP5) A. thaliana epithiospecifier protein (ESP) homologues that promote simple nitrile, but not epithionitrile or thiocyanate formation. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
nitrile specifier protein 3 (NSP3); FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: glucosinolate catabolic process, nitrile biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Galactose oxidase/kelch, beta-propeller (InterPro:IPR011043), Kelch repeat type 1 (InterPro:IPR006652), Mannose-binding lectin (InterPro:IPR001229), Myrosinase-binding related, jacalin-like lectin (InterPro:IPR017388), Kelch-type beta propeller (InterPro:IPR015915); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: nitrile specifier protein 1 (TAIR:AT3G16400.2); Has 10576 Blast hits to 6248 proteins in 399 species: Archae - 10; Bacteria - 398; Metazoa - 6052; Fungi - 597; Plants - 2343; Viruses - 26; Other Eukaryotes - 1150 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5562602..5564356 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 51235.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 467 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MAQKLVAQGG ETGDVWDDGV YDNVTKVYVG QGQYGIAFVK FEYANGSEVV VGDEHGEKTE LGVEEFEIDS DDYIVYVEGY REKVSDMTSE MITFLSFKTS 101: KGKTSQPIVK KPGVKFVLHG GKIVGFHGRS TDVLHSLGAY VSLPSTPKLL GNWIKVEQNG EGPGLRCSHG IAQVGNKIYS FGGELIPNQP IDKHLYVFDL 201: ETRTWSIAPA TGDVPHLSCL GVRMVSVGST LYTFGGRDFS RQYNGFYSFD TTTNEWKLLT PVEEGPTPRS FHSMAADEEN VYVFGGVGAM DRIKTLDSYN 301: IVDKTWFHCS NPGDSFSIRG GAGLEVVQGK VWIVYGFNGC EVDDVHFYDP AEDKWTQVET FGVKPNERSV FASAAIGKHI VIFGGEIAMD PRAHVGPGQL 401: IDGTFALDTE TLQWERLDKF EGTPSSRGWT ASTTGTIDGK KGLVMHGGKA PTNDRFDDLF FYGIDSV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)