AT3G15020.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Lactate/malate dehydrogenase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Lactate/malate dehydrogenase family protein; FUNCTIONS IN: malate dehydrogenase activity, copper ion binding; INVOLVED IN: defense response to bacterium; LOCATED IN: mitochondrion, apoplast, membrane; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal (InterPro:IPR022383), Malate dehydrogenase, NAD-dependent, eukaryote/gamma proteobacteria (InterPro:IPR010097), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), L-lactate/malate dehydrogenase (InterPro:IPR001557), Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal (InterPro:IPR001236), Malate dehydrogenase, active site (InterPro:IPR001252), Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal (InterPro:IPR015955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Lactate/malate dehydrogenase family protein (TAIR:AT1G53240.1); Has 16805 Blast hits to 16803 proteins in 5273 species: Archae - 237; Bacteria - 11900; Metazoa - 1175; Fungi - 513; Plants - 469; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2511 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:5056139..5057865 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33135.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 316 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFRSMIVRSA SPVKQGLLRR GFASESVPDR KVVILGAAGG IGQPLSLLMK LNPLVSSLSL YDIANTPGVA ADVGHINTRS QVSGYMGDDD LGKALEGADL 101: VIIPAGVPRK PGMTRDDLFN INAGIVKNLS IAIAKYCPQA LVNMISNPVN STVPIAAEIF KKAGTYDEKK LFGVTTLDVV RARTFYAGKS DVNVAEVNVP 201: VVGGHAGITI LPLFSQASPQ ANLSDDLIRA LTKRTQDGGT EVVEAKAGKG SATLSMAYAG ALFADACLKG LNGVPNVVEC SFVQSTITEL PFFASKVRTG 301: KERSGGSARS RATLRL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)