AT3G14550.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : geranylgeranyl pyrophosphate synthase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with geranylgeranyl pyrophosphate synthase activity involved in isoprenoid biosynthesis. The enzyme appears to be targeted to the chloroplast in epidermal cells and guard cells of leaves, and in etioplasts in roots. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
geranylgeranyl pyrophosphate synthase 3 (GGPS3); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Polyprenyl synthetase-related (InterPro:IPR017446), Terpenoid synthase (InterPro:IPR008949), Polyprenyl synthetase (InterPro:IPR000092); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Terpenoid synthases superfamily protein (TAIR:AT3G14530.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4884754..4885945 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38894.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.01 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 360 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATTVHLSSF SLFIQSRGRR DNSISSVKSL KKRTGLSPSS ALTSQGGRDM IPPEGKCNDH NSAFDFKLYM IRKAESVNAA LDVSVPLREP LTVQEAVRYS 101: LLAGGKRVRP LLCIAVCELV GGDEATAMSA ACAVEMIHTS SLIHDDLPCM DNADLRRGKP TNHKVYGEDM AVLAGDALLA LAFEHMTFVS SGLVAPERMI 201: RAVVELARAI GTTGLVAGQM IDLASERLNP DKVGLEHLEF IHLHKTAALL EAAAVLGVIM GGGTEEEIEK LRKYARCIGL LFQVVDDILD VTKSTEELGK 301: TAGKDVMAGK LTYPRLIGLE RSKEVAEKLR REAEEQLLGF DPSKAAPLVA LASYIACRHN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)