AT3G14530.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Terpenoid synthases superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Terpenoid synthases superfamily protein; FUNCTIONS IN: farnesyltranstransferase activity; INVOLVED IN: isoprenoid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Polyprenyl synthetase-related (InterPro:IPR017446), Terpenoid synthase (InterPro:IPR008949), Polyprenyl synthetase (InterPro:IPR000092); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: geranylgeranyl pyrophosphate synthase 3 (TAIR:AT3G14550.1); Has 16918 Blast hits to 16911 proteins in 2965 species: Archae - 341; Bacteria - 9533; Metazoa - 310; Fungi - 484; Plants - 460; Viruses - 12; Other Eukaryotes - 5778 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4879293..4880448 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38675.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 360 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATTVHLSSS SLFSQSRGRR DNSISSVKSL RKRTVLSLSS ALTSQDAGHM IQPEGKSNDN NSAFDFKLYM IRKAESVNAA LDVSVPLLKP LTIQEAVRYS 101: LLAGGKRVRP LLCIAACELV GGDEATAMSA ACAVEMIHTS SLIHDDLPCM DNADLRRGKP TNHKVYGEDM AVLAGDALLA LAFEHMTVVS SGLVAPEKMI 201: RAVVELARAI GTTGLVAGQM IDLASERLNP DKVGLEHLEF IHLHKTAALL EAAAVLGVIM GGGTEQEIEK LRKYARCIGL LFQVVDDILD VTKSTEELGK 301: TAGKDVMAGK LTYPRLIGLE GSREVAEKLR REAEEQLLGF DPSKAAPLVA LASYIACRHN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)