AT3G13490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.500 plastid 0.500 ASURE: mitochondrion,plastid What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Lysyl-tRNA synthetase, class II | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a dual targeted lysyl-tRNA ligase that is found both in the mitochondrion and the chloroplast. Plants mutated in this gene exhibit an ovule abortion phenotype. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
OVULE ABORTION 5 (OVA5); FUNCTIONS IN: aminoacyl-tRNA ligase activity, nucleotide binding, ATP binding, nucleic acid binding, lysine-tRNA ligase activity; INVOLVED IN: tRNA aminoacylation for protein translation, ovule development; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast, cytoplasm; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nucleic acid-binding, OB-fold (InterPro:IPR012340), Nucleic acid binding, OB-fold, tRNA/helicase-type (InterPro:IPR004365), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II, conserved domain (InterPro:IPR006195), Nucleic acid-binding, OB-fold-like (InterPro:IPR016027), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) (InterPro:IPR004364), Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal (InterPro:IPR018149), Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N)-like (InterPro:IPR018150), Lysyl-tRNA synthetase, class II (InterPro:IPR002313); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: lysyl-tRNA synthetase 1 (TAIR:AT3G11710.1); Has 27489 Blast hits to 22097 proteins in 2943 species: Archae - 404; Bacteria - 18954; Metazoa - 615; Fungi - 809; Plants - 266; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 6441 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4395984..4399302 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 67591.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.39 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 602 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEALKVWSLT ATPLKQLLRL SSSSTRLATT IYGRRSYHLS PALRCASAAS SSSSSATTAE TSKPSGRNRR SASSSNSTSD REAIRSIRLK KVEELRGQGL 101: EPYAYKWEKS HSANQLQEIY KHLANGEESD NEIDCVSIAG RVVARRAFGK LAFLTLRDDS GTIQLYCEKE RLSDDQFEQL KQFIDIGDIL GASGSMKRTE 201: KGELSICVNS FSILTKSLLP LPDKYHGLTD IDKRYRQRYV DMIANPEVAD VFRRRAKIVS EIRKTVESFG YLEVETPVLQ GAAGGAEARP FVTFHNSLGR 301: DLYLRIATEL HLKRMLVGGF EKVYEIGRIF RNEGISTRHN PEFTTIEMYE AYSDYHSMMD MAELIVTQCS MAVNGKLTID YQGTEICLER PWRRETMHNL 401: VKEITGINFS ELGEDLGNAK DTVLLALQDV LEPKDKSGIR ACSSLGHLLN EIFEVVVEPK LVQPTFVLDY PIEISPLAKP HRGNAGLTER FELFICGREM 501: ANAFSELTDP VDQRTRLEEQ VRQHNAKRAE AVRESPEPNA KKDDDDDESY EVTLDEDFLT ALEYGMPPAS GMGLGIDRLV MLLTNSASIR DVIAFPVLKL 601: QQ |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)