AT3G13235.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.755 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin family protein; FUNCTIONS IN: aspartic-type endopeptidase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion; LOCATED IN: cytosol, nucleus; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal (InterPro:IPR000449), Peptidase aspartic (InterPro:IPR021109), Ubiquitin subgroup (InterPro:IPR019956), Peptidase aspartic, eukaryotic predicted (InterPro:IPR019103), Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote (InterPro:IPR015940), Peptidase A2A, retrovirus, catalytic (InterPro:IPR001995), Ubiquitin (InterPro:IPR000626), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955), UBA-like (InterPro:IPR009060); Has 8885 Blast hits to 4319 proteins in 604 species: Archae - 0; Bacteria - 8; Metazoa - 3791; Fungi - 1215; Plants - 2329; Viruses - 83; Other Eukaryotes - 1459 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:4271492..4274348 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45361.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.56 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.32 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 414 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRITVMTAGE QIITLDVDSQ ETVENVKALL EVESNVPIQQ QQLLYNGNEM GNSDKLSALG VKDDDLLMMM VSNASSGSAT SAAGNDLGMN PDGSALNPAA 101: FQQHIRGDSN LMGQLFQNDP ELAQVISGSD LNKLQDVLRA RHRQRSVLQR QKEEELALLY ADPFDVEAQR KIEAAIRQKG IDENWEAALE HNPEGFARVI 201: MLYVDMEVNG VPLKAFVDSG AQSTIISKSC AERCGLLRLM DQRYKGIAHG VGQTEILGRI HVAPIKIGNN FYPCSFVVLD SPNMEFLFGL DMLRKHQCTI 301: DLKENVMTVG GGEVSVPFLQ EKDIPSRFLD EERVPNDASS SGATVPSGFT EKKNNTVANP TSQQPKRQNT SEGPEFEAKI AKLVELGFSR DSVIQALKLF 401: EGNEEQAAGF LFGG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)