AT3G12160.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.979 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RAB GTPase homolog A4D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes RABA4D, a member of the Arabidopsis RabA4 subfamily of Rab GTPase proteins. It is transported in exocytic vesicles to the apical tip of pollen tubes where it appears to promote tip growth. Proper localization of RabA4d depends on ROP1, RIC3, and RIC4 activity. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RAB GTPase homolog A4D (RABA4D); FUNCTIONS IN: GTP binding; INVOLVED IN: regulation of pollen tube growth, pollen tube growth, pollen tube development; LOCATED IN: exocytic vesicle, apical part of cell; EXPRESSED IN: 8 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ras GTPase (InterPro:IPR001806), Small GTP-binding protein (InterPro:IPR005225), Small GTPase (InterPro:IPR020851), Ras (InterPro:IPR013753), Ras small GTPase, Rab type (InterPro:IPR003579), Rab11-related (InterPro:IPR015595); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RAB GTPase homolog A4C (TAIR:AT5G47960.1); Has 28921 Blast hits to 28882 proteins in 778 species: Archae - 24; Bacteria - 155; Metazoa - 15072; Fungi - 4263; Plants - 3370; Viruses - 20; Other Eukaryotes - 6017 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3879495..3880437 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24721.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 222 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSNLYGDYNQ KIDYVFKVVL IGDSAVGKTQ LLARFARNEF SVDSKATIGV EFQTKTLVID NKTVKAQIWD TAGQERYRAV TSAYYRGAVG AMLVYDMTKR 101: QSFDHMAKWL EELRGHADKN IVIMLIGNKC DLGSLRAVPT EDAQEFAQRE NLFFMETSAL EATNVETAFL TILTEIYRII SKKSLTADDD DADGNSSLLK 201: GTRIIIPSEQ ESGKRGGCCG KS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)