AT3G11820.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 1.000 ASURE: plasma membrane What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : syntaxin of plants 121 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a syntaxin localized at the plasma membrane (SYR1, Syntaxin Related Protein 1, also known as SYP121, PENETRATION1/PEN1). SYR1/PEN1 is a member of the SNARE superfamily proteins. SNARE proteins are involved in cell signaling, vesicle traffic, growth and development. SYR1/PEN1 functions in positioning anchoring of the KAT1 K+ channel protein at the plasma membrane. Transcription is upregulated by abscisic acid, suggesting a role in ABA signaling. Also functions in non-host resistance against barley powdery mildew, Blumeria graminis sp. hordei. SYR1/PEN1 is a nonessential component of the preinvasive resistance against Colletotrichum fungus. Required for mlo resistance. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
syntaxin of plants 121 (SYP121); FUNCTIONS IN: protein anchor, SNAP receptor activity; INVOLVED IN: in 13 processes; LOCATED IN: SNARE complex, plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Target SNARE coiled-coil domain (InterPro:IPR000727), t-SNARE (InterPro:IPR010989), Syntaxin/epimorphin, conserved site (InterPro:IPR006012), Syntaxin, N-terminal (InterPro:IPR006011); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: syntaxin of plants 122 (TAIR:AT3G52400.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3729540..3730775 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 34660.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.45 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 315 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANPAGSTGG VNLDKFFEDV ESVKEELKEL DRLNETLSSC HEQSKTLHNA KAVKDLRSKM DGDVGVALKK AKMIKVKLEA LDRANAANRS LPGCGPGSSS 101: DRTRTSVLNG LRKKLMDSMD SFNRLRELIS SEYRETVQRR YFTVTGENPD ERTLDRLIST GESERFLQKA IQEQGRGRVL DTINEIQERH DAVKDIEKNL 201: RELHQVFLDM AVLVEHQGAQ LDDIESHVGR ASSFIRGGTD QLQTARVYQK NTRKWTCIAI IILIIIITVV VLAVLKPWNN SSGGGGGGGG GGTTGGSQPN 301: SGTPPNPPQA RRLLR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)