AT3G09790.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.939 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a ubiquitin-like protein that contains tandem repeats of the ubiquitin coding region, but at least one repeat per gene encodes a protein with amino acid substitutions. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin 8 (UBQ8); INVOLVED IN: protein modification process, ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: cell wall, intracellular, vacuole; EXPRESSED IN: guard cell, juvenile leaf, trichome; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin subgroup (InterPro:IPR019956), Ubiquitin (InterPro:IPR000626), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: polyubiquitin 10 (TAIR:AT4G05320.4); Has 39057 Blast hits to 7018 proteins in 718 species: Archae - 0; Bacteria - 147; Metazoa - 16312; Fungi - 4980; Plants - 8397; Viruses - 1303; Other Eukaryotes - 7918 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:3004111..3006006 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71773.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 631 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTIQIYAKTL TEKTITLDVE TSDSIHNVKA KIQNKEGIPL DQQRLIFAGK QLEDGLTLAD YNIQKESTLH LVLRLRGGMQ IFVQTLTGKT ITLEVKSSDT 101: IDNVKAKIQD KEGILPRQQR LIFAGKQLED GRTLADYNIQ KESTLHLVLR LCGGMQIFVS TFSGKNFTSD TLTLKVESSD TIENVKAKIQ DREGLRPDHQ 201: RLIFHGEELF TEDNRTLADY GIRNRSTLCL ALRLRGDMYI FVKNLPYNSF TGENFILEVE SSDTIDNVKA KLQDKERIPM DLHRLIFAGK PLEGGRTLAH 301: YNIQKGSTLY LVTRFRCGMQ IFVKTLTRKR INLEVESWDT IENVKAMVQD KEGIQPQPNL QRLIFLGKEL KDGCTLADYS IQKESTLHLV LGMQIFVKLF 401: GGKIITLEVL SSDTIKSVKA KIQDKVGSPP DQQILLFRGG QLQDGRTLGD YNIRNESTLH LFFHIRHGMQ IFVKTFSFSG ETPTCKTITL EVESSDTIDN 501: VKVKIQHKVG IPLDRQRLIF GGRVLVGSRT LLDYNIQKGS TIHQLFLQRG GMQIFIKTLT GKTIILEVES SDTIANVKEK IQVKEGIKPD QQMLIFFGQQ 601: LEDGVTLGDY DIHKKSTLYL VLRLRQRRYD F |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)