AT3G08700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.984 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin-conjugating enzyme 12 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin-conjugating enzyme 12 (UBC12); FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, small conjugating protein ligase activity; INVOLVED IN: regulation of protein metabolic process, post-translational protein modification; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, LP.04 four leaves visible, 4 anthesis, LP.10 ten leaves visible, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like (InterPro:IPR016135), Ubiquitin-conjugating enzyme, E2 (InterPro:IPR000608); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin-conjugating enzyme 11 (TAIR:AT3G08690.2); Has 10370 Blast hits to 10346 proteins in 401 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 4447; Fungi - 2251; Plants - 1964; Viruses - 26; Other Eukaryotes - 1680 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:2643482..2644545 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16710.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 149 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASKRISREL RDMQRHPPAN CSAGPVAEED IFHWQATIMG PHDSPYSGGV FTVSIDFSSD YPFKPPKVNF KTKVYHPNID SKGSICLDIL KEQWSPAPTT 101: SKVLLSICSL LTDPNPNDPL VPEIAHLYKV DKSKYESTAQ KWTQKYAMG |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)