AT3G05930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : germin-like protein 8 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
germin-like protein (GLP8) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
germin-like protein 8 (GLP8); FUNCTIONS IN: manganese ion binding, nutrient reservoir activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system, apoplast; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, M germinated pollen stage, 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cupin, RmlC-type (InterPro:IPR011051), Cupin 1 (InterPro:IPR006045), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710), Germin (InterPro:IPR001929); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RmlC-like cupins superfamily protein (TAIR:AT5G26700.1); Has 1660 Blast hits to 1650 proteins in 162 species: Archae - 0; Bacteria - 130; Metazoa - 1; Fungi - 68; Plants - 1447; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 14 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1770377..1771183 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 23034.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 219 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATSMIPIFV TFMLVAAHMA LADTNMLQDF CVADLSNGLK VNGYPCKDPA KVTPEDFYFI GLATAAATAN SSMGSAVTGA NVEKVPGLNT LGVSISRIDY 101: APGGLNPPHL HPRASEAIFV LEGRLFVGFL TTTGKLISKH VNKGDVFVFP KALLHFQQNP NKAPASVLAA FDSQLPGTQV VGPSLFGSNP PIPDDLLAKA 201: FGAAAPEIQK IKGKFPPKK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)