AT3G05380.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DIRP ;Myb-like DNA-binding domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ALWAYS EARLY 2 (ALY2); FUNCTIONS IN: DNA binding, sequence-specific DNA binding transcription factor activity, nucleic acid binding; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Tudor domain (InterPro:IPR002999), DIRP (InterPro:IPR010561); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DIRP ;Myb-like DNA-binding domain (TAIR:AT5G27610.1); Has 3515 Blast hits to 2611 proteins in 325 species: Archae - 0; Bacteria - 509; Metazoa - 1706; Fungi - 322; Plants - 232; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 737 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:+:1540562..1546139 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 117787.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.93 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1051 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MAPVRKSRSV NKRFTNETSP RKDAGKSKKN KLRKKLSDKL GPQWTRLELE RFYDAYRKHG QEWRRVAAAI RNSRSVDMVE ALFNMNRAYL SLPEGTASVA 0101: GLIAMMTDHY SVMEGSGSEG EGHDASEVPR KQQKRKRAKP QRSDSPEEVD IQQSIGSPDG CLTFLKQARA NGTQRHATGK RTPRVPVQTS FMRDDREGST 0201: PPNKRARKQF DANDDVAHFL ALALTDASRR GGSPKVSESP NRRTELSDSS PIKSWGKMSR TRKSQSKHCG SSIFEEWMES SRERKLDSDK DTTLLMDMER 0301: AGEMEAPRKG KRVYKKRVKV EEAECNDSDD NGEACSATQG LRSKSQRRKA AIEASREKYS PRSPKKRDDK HTSGAFDALQ ALAELSASML PANLMESELS 0401: AQLKEERTEY DMDEKSSTPE ATSTSSHGEK ANVEPDDSLL HAISSVENAN KRKSKPSRLV STDCDDVPTG KLQPQTSGSL RKRKPKVLGD EAPAEFSQNK 0501: SINKKELPQD ENNMKSLVKT KRAGQVPAQS KQMKTVKALE ESAITSDKKR PGMDIVASPK QVSDSGPTSL SQKPPNRRKK SLQKSLQEKA KSSETTHKAA 0601: RSSRSLSEQE LLLKDKLATS LSFPFARRRC IFEWFYSAID HPWFSKMEFV DYLNHVGLGH IPRLTRLEWS VIKSSLGRPR RFSERFLHEE REKLKQYRES 0701: VRKHYTELRT GAREGLPTDL ARPLAVGNRV IAIHPKTREI HDGKILTVDH NKCNVLFDDL GVELVMDIDC MPLNPLEYMP EGLRRQIDKC LSMKKEAQLS 0801: GNTNLGVSVL FPPCGLENVS FSMNPPLNQG DMIAPILHGK VSSNTSSPRQ TNHSYITTYN KAKEAEIQRA QALQHALDEK EMEPEMLEIV KGSKTRAQAM 0901: VDAAIKAASS VKEGEDVNTM IQEALELVGK NQLLRSSMVK HHEHVNGSIE HHHNPSPSNG SEPVANNDLN SQDGSEKNAQ MPSELITSCV ATWLMIQMCT 1001: ERQYPPADVA QLIDAAVTSL QPRCPQNLPI YREIQTCMGR IKTQIMSLVP T |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)