AT3G04230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein S5 domain 2-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein S5 domain 2-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, cytosolic ribosome, nucleolus, chloroplast, membrane; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S9 (InterPro:IPR000754), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold (InterPro:IPR020568), Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup (InterPro:IPR014721); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein S5 domain 2-like superfamily protein (TAIR:AT5G18380.1); Has 6825 Blast hits to 6825 proteins in 2403 species: Archae - 233; Bacteria - 4309; Metazoa - 365; Fungi - 183; Plants - 150; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1585 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1113169..1113609 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 16587.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.49 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 146 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATQPAKESV QCFGRKKTAT AVTYCKRGSG MIKLNGSPIE LYQPEILRFK IFEPVLLLGK HRFAGVDMRI RATGGGNTSR VYAIRQSIAK ALVAYYQKYV 101: DEQSKKEIKD ILMRYDRTLL VADPRRCESK KFGGPGARAR FQKSYR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)