AT3G04200.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : RmlC-like cupins superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
RmlC-like cupins superfamily protein; FUNCTIONS IN: manganese ion binding, nutrient reservoir activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system, apoplast; EXPRESSED IN: stem, male gametophyte, root, leaf; EXPRESSED DURING: L mature pollen stage, LP.06 six leaves visible, LP.04 four leaves visible; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cupin, RmlC-type (InterPro:IPR011051), Cupin 1 (InterPro:IPR006045), RmlC-like jelly roll fold (InterPro:IPR014710), Germin (InterPro:IPR001929), Germin, manganese binding site (InterPro:IPR019780); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: RmlC-like cupins superfamily protein (TAIR:AT3G05950.1); Has 1512 Blast hits to 1510 proteins in 90 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 0; Fungi - 40; Plants - 1456; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 12 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1103745..1104573 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 24922.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 227 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMEVLLRLLV TQVILLALAT SFVSCYDPNP LQDFCVAASE TNRVFVNGKF CKDPKSVTAN DFSYSGLNIA RNTTNFLGSN VTTVDVNKIP GLNTLGVSLA 101: RLDFAQGGQN PPHIHPRATE ILVVTKGKLL VGFVSSNQDN NRLFYKVLKR GDVFVFPIGL IHFQMNVRRT RAVAFAGFGS QNPGTIRIAD AVFGSNPSIP 201: QEVLAKAFQL DVKLVRFLHI VFGPPLW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)