AT3G04090.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 1.000 ASURE: endoplasmic reticulum What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : small and basic intrinsic protein 1A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Belongs to a family of plant aquaporins. Similar to yeast and radish aquaporins. Located on ER. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
small and basic intrinsic protein 1A (SIP1A); FUNCTIONS IN: water channel activity; INVOLVED IN: transport; LOCATED IN: endoplasmic reticulum, membrane; EXPRESSED IN: 29 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Major intrinsic protein (InterPro:IPR000425); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Aquaporin-like superfamily protein (TAIR:AT5G18290.2); Has 2436 Blast hits to 2434 proteins in 334 species: Archae - 16; Bacteria - 100; Metazoa - 613; Fungi - 43; Plants - 1566; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 98 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1072340..1074031 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25707.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.75 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 240 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMGVLKSAIG DMLMTFSWVV LSATFGIQTA AIISAGDFQA ITWAPLVILT SLIFVYVSIF TVIFGSASFN PTGSAAFYVA GVPGDTLFSL AIRLPAQAIG 101: AAGGALAIME FIPEKYKHMI GGPSLQVDVH TGAIAETILS FGITFAVLLI ILRGPRRLLA KTFLLALATI SFVVAGSKYT GPAMNPAIAF GWAYMYSSHN 201: TWDHIYVYWI SSFVGALSAA LLFRSIFPPP RPQKKKQKKA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)