AT3G03920.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein; FUNCTIONS IN: snoRNA binding, pseudouridine synthase activity, RNA binding; LOCATED IN: chloroplast thylakoid membrane, nucleolus; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1, eukaryote (InterPro:IPR021154), H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 (InterPro:IPR007504); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein (TAIR:AT5G18180.1); Has 27180 Blast hits to 8695 proteins in 812 species: Archae - 17; Bacteria - 4971; Metazoa - 11125; Fungi - 2086; Plants - 5744; Viruses - 428; Other Eukaryotes - 2809 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr3:-:1009123..1010379 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 20984.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 11.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.67 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 202 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MRPPMRGGGG FRGRGGRDGG GGGRFGGGGG RFGGGGGRFG GGGGRFGGFR DEGPPSEVVE VATFVHACEG DAVTKLSQEK IPHFNAPIYL ENKTQIGKVD 101: EIFGPINESL FSIKMMEGIV ATSYSPGDKF FIDPYKLLPL ARFLPQPKGQ STGGRGGAGR GRGDSRGRGR GGSFSRGRGA PRGGRFPPRG GSRGSFRGRG 201: RF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)